Jednym z głównych wątków, jakie porusza Quo vadis Henryka Sienkiewicza jest to, jak prześladowani byli pierwsi chrześcijanie w Imperium Rzymskim za czasów Nerona. To dosyć brutalny wątek ze względu na postać całkowicie szalonego imperatora, który był przerażony nową religią, która na jego oczach z niegroźnej sekty stawała się bardzo potężną siłą społeczną. Siłą, która mogła pozbawić go władzy.
Od dłuższego czasu mówiono w Rzymie źle o chrześcijanach. Ich nowa religia wydawała się Neronowi i najwyższym urzędnikom państwowym podejrzana ze względu na pokój, miłosierdzie i skromność życia, jakie promowała. Po mieście krążyły również niepokojące plotki, którym szczuto prostych ludzi, jakoby religia chrześcijańska posługiwała się mrocznymi rytuałami z truciem fontann w miastach oraz mordowaniem i spożywaniem niemowląt. Chciano w ten sposób odstraszyć ludzi do podejmowania nowych wierzeń, ponieważ każda zbyt duża sekta mogłaby być zagrożeniem dla cezara. Do pewnego momentu jednak nikt nie bał się przesadnie chrześcijan.
Sytuacja ta drastycznie się zmieniła, kiedy przez Nerona spłonęła większa część Rzymu. Szalony imperator nie mógł przyznać się do winy, więc zrzucił przed ludem winę na chrześcijan. Skoro byli winowajcy, trzeba było ich ukarać, kara natomiast musiała być surowa tak, by społeczeństwo zobaczyło potęgę i dobroć cezara. Neron postanowił wyprawić krwawe igrzyska, w trakcie których chrześcijanie byliby mordowani w tak spektakularny sposób, że ludzkość czegoś takiego jeszcze nie widziała.
Zbudowano specjalnie na tę okazję wielkie amfiteatr, aresztowano i uwięzione wiele tysięcy chrześcijan. Dzikie zwierzęta zaś sprowadzono aż z Afryki. Chrześcijan wypędzano na arenę w przebraniach dzikich zwierząt, lub nago, a później wypuszczano na nią głodzone od wielu dni psy, lwy, tygrysy, pantery i niedźwiedzie. Wychudzeni i pozbawieni broni chrześcijanie nie mieli szans z rozpędzoną siłą wygłodniałego żywiołu. Zwierzęta zabijały, rozszarpywały i pożerały setki ludzi na oczach wiwatującego tłumu.
Chrześcijanom kazano również walczyć z gladiatorami, jednak ci ku oburzeniu gawiedzi odrzucali broń i dawali się zabijać modląc się do Chrystusa. Pewnego razu (igrzyska trwały bowiem wiele dni) na arenę wypędzone zostały młode dziewczęta, dziewice, które na oczach całego amfiteatru były gwałcone i mordowane przez gladiatorów. Po każdym dniu rzezi całą arena była czyszczona przez niewolników, którzy posypywali ją świeżym piachem i kwiatami, a także rozpalali kadzidła dla zabicia zapachu krwi i zwłok. Na koniec chrześcijan po prostu krzyżowano, po czym stwierdzono, że wszystkich pozostałych trzeba pozbyć się w miarę szybko, ponieważ Rzymowi grozi zaraza. Neron zdecydował się przygotować dla nich zbiorową egzekucję w ogrodach pałacowych. Setki chrześcijan zostały przywiązane do smolnych słupów i podpalone tak, by rozświetlić wieczór, w czasie którego Neron odbywał przejażdżkę pomiędzy konającymi w męczarniach na swoim rydwanie.
We wszystkich mękach swoich uczniów brał udział święty Piotr, który z bólem patrzył na tak ogromne męki chrześcijan, ale chciał być zawsze przy nich, by w ostatnich chwilach życia udzielić im błogosławieństwa.