Wybuch II wojny światowej stanowi dla bohaterów Ziela na kraterze Melchiora Wańkowicza ogromne i niezwykle dramatyczne zaskoczenie. Oznacza również, że bardzo mocno zżyta ze sobą rodzina musiała rozproszyć się nie tylko po Europie, lecz także po całym świecie. Pod nieobecność siostry i ojca, do Polski wraca Krysia, najstarsza córka, by zamieszkać z matką w rodzinnym domku na Żoliborzu i spróbować ocalić majątek rodzinny przed wojenną zawieruchą.
Dom od zawsze był dla rodziny Wańkowiczów prawdziwą ostoją, gniazdem, ulubionym miejscem i cichą przystanią, gdzie każdy z domowników mógł liczyć na odpoczynek w atmosferze zrozumienia i miłości. W czasie wojny jednak dom zaczął pełnić nieco inną funkcję. Czasy były niepewne i najbezpieczniej czuć mógł się ten, który miał coś na własność. W dobie kryzysu żywieniowego, Krysia z matką założyły ogród warzywny, by móc utrzymać siebie i ewentualnych potrzebujących. Krysia, która z czasem włączyła się do organizacji konspiracyjnej, używała swojego domu jako miejsca nielegalnych spotkań. Zaprzyjaźnieni z rodziną ludzie zawsze mogli liczyć w tym domu na nocleg, schronienie, kryjówkę, ciepły posiłek i dobre słowo.
Można więc powiedzieć, że przez II wojnę światową dom rodziny Wańkowiczów zmienił się z ostoi rodzinnej niemal w zakonspirowaną bazę polskiego podziemia walczącego. Niestety los nie był dla niego łaskawy. Krysia została zabita w trakcie walk powstańczych, a sam dom w jakiś czas później został doszczętnie zniszczony w wyniku bombardowania, grzebiąc pod ruinami wiele lat wspólnego szczęśliwego życia rodziny Wańkowiczów. Dopiero wówczas zrozpaczona Zofia zdecydowała się na opuszczenie kraju, by po sześciu długich i bolesnych latach rozłąki na powrót spotkać się z ukochanym mężem.