Motyw zdrady to jeden z szerzej poruszanych w Potopie wątków. Cóż – wielu Polaków zdradziło wówczas ojczyznę, niektórzy z niechęci do obrony kraju, inni z przerażenia ogromem sił szwedzkich, jeszcze inni przystawali do nieprzyjaciele z chęci indywidualnego zysku, który zamierzali wydobyć z wojennego popłochu i chaosu. Każda z tych motywacji jest haniebna, warto jednak się im przyjrzeć i nieco dokładniej przeanalizować powody, dla których w poszczególnych przypadkach dochodziło do zdrady. W ten sposób wiele można się nauczyć nie tylko o społeczeństwie polskim połowy XVII wieku, lecz także o ludziach w ogóle.
Największym zdrajcą narodu polskiego w Potopie (a przynajmniej tak zostało to w powieści przedstawione) był książę Janusz Radziwiłł, hetman litewski, słynny wojownik i wielki magnat, bardzo bogaty arystokrata. Był to człowiek, który w życiu kierował się wyłącznie własnym dobrem, własnym interesem. Czuł, że Rzeczpospolita jest w trudnym położeniu i może nie wytrzymać szwedzkiej nawały, dlatego zamiast zrobić co w jego mocy, by próbować ratować zagrożoną ojczyznę, zaczął myśleć, jak wykorzystać wojenny chaos dla własnych korzyści. A że był książę Radziwiłł człowiekiem wiecznie nienasyconym jeśli chodzi o bogactwa i władzę, zapragnął on korony królewskiej. Pomyślał, że jeśli wykaże się przyjaźnią wobec szwedzkiego najeźdźcy i od razu przystanie do niego, Szwedzi po opanowaniu Rzeczypospolitej, oddadzą mu tron królewski (oczywiście pod protektoratem szwedzkim). Był książę w całej swojej zdradzie człowiekiem kłamliwym, ponieważ wszystkim, których chciał utrzymać przy sobie na dłużej wmawiał, że korona Polski potrzebna mu będzie, żeby móc zjednoczyć naród pod swoją komendą i wypędzić z Rzeczypospolitej nieprzyjaciela, któremu nie jest się w stanie przeciwstawić jako zwykły książę. Były to oczywiste kłamstwa, książę pragnął łatwego osiągnięcia większej niż dotychczasowa władzy. Nie miał żadnego interesu w obronie Polski, zwłaszcza, że wątpił w powodzenie takiej walki. W swoją zdradę podstępnie wciągnął również Andrzeja Kmicica, młodego chorążego orszańskiego, którego twardość, porywczość i bezwzględność były mu potrzebne.
Andrzej Kmicic był ścigany sądownie za rozboje, jakich dopuścił się m.in. w Wołmontowiczach, dlatego też schronienie się pod protektorat książęcy i formowanie dla niego chorągwi wojskowej były kuszącą propozycją, bo zwalniały go z odpowiedzialności za popełnione przestępstwa, a przynajmniej odraczały proces. W dodatku książę wydawał się sprzyjać jego miłości do Oleńki Billewiczówny, czym zaskarbił sobie jeszcze większą wdzięczność szlachcica. Postanowił ją wykorzystać i zmusić go do przysięgi na święty krzyż, że Kmicic zostanie przy nim na dobre i złe, na śmierć i życie, nawet w momencie, kiedy inni się od niego odwrócą. Chorąży czyni taką przysięgę zupełnie nieświadomy, że na uczcie w Kiejdanach, książę przyzna się przed pułkownikami do poddania się wobec Szwedów. Nie chcąc złamać przysięgi religijnej, czyli mającej największą moc, Kmicic nie opuszcza księcia i zostaje przy jego boku. Skutkuje to tym, że przez uwięzionych dowódców, a także przez społeczeństwo szlacheckie, zostaje zaliczony w poczet najgorszych zdrajców narodu. Mimo to jest przez księcia dalej utwierdzany w myśleniu, że to oni mają rację, a myli się druga strona, w które to manipulacje, Kmicic wierzy, chyba tylko dlatego żeby uwolnić nieco swoje sumienie. Młodzieniec cały czas jednak waha się, czy jego postępowanie jest właściwe. Motywem do ostatecznego odwrócenia się od księcia jest zdemaskowanie jego oszustwa, kiedy obiecuje Kmicicowi zachować uwięzionych pułkowników przy życiu, a potajemnie wydaje rozkaz ich zamordowania. Dopiero wówczas chorąży orientuje się, że został wykorzystany i wierzył w ułudę, w kłamstwo człowieka opętanego manią wielkości i niezdrową żądzą władzy. Była więc to zdrada innego rodzaju niż w przypadku księcia. Nie wynikała ona z chęci krzywdy ojczyzny ani z chęci wzbogacenia się na jej nieszczęściu. Wręcz przeciwnie – Kmicic był przekonany, że stojąc przy księciu, stoi po właściwej stronie. Nie był świadomy manipulacji, której padł ofiarą. Nie jest to więc zdrada uczyniona z rozmysłem, lecz taka, w którą człowiek ten został wmanewrowany wbrew swojej woli.
Innym bohaterem Potopu, który dopuścił się zdrady, był Hieronim Radziejowski. Jest to postać historyczna, choć w powieści przedstawiona epizodycznie. Był to polski szlachcic, podkanclerz koronny, który od wielu lat, z niewyjaśnionych do końca powodów, działał na niekorzyść Rzeczypospolitej na arenie międzynarodowej. Powodem jego działalności miała być zemsta za rzekomą zdradę, jakiej dopuścić się miała jego żona z królem Janem Kazimierzem. Od dłuższego więc czasu Radziejowski podburzał szlachtę przeciwko monarsze, a także robił wszystko, by spowodować podupadnięcie Rzeczypospolitej (co również mogłoby rzucić cień na nazwisko władcy). Pełnię swoich działań osiągnął właśnie w czasie potopu szwedzkiego, kiedy to pod Ujściem stał się pośrednikiem pomiędzy stroną szwedzką a polskimi arystokratami, którzy ze strachu przed potęgą Karola X Gustawa, postanowili poddać pod jego panowanie Wielkopolskę. Radziejowski już od dłuższego czasu działał w porozumieniu ze Szwedami, prawdopodobnie również licząc na nagrodę w postaci bogactw i innych majętności, kiedy ci zdobędą całą Rzeczpospolitą. Tak się nie stało, Radziejowski szybko stracił poważanie po stronie szwedzkiej, a po stronie polskiej przez długi czas był uważany za najpoważniejszego zdrajcę.
Jak więc widać, zdrada ma w Potopie wiele oblicz i nie zawsze – choć w zdecydowanej większości przypadków – była motywowana chęcią krzywdy Rzeczypospolitej czy też pragnieniem wzbogacenia się na nieszczęściu narodu polskiego. Takimi pobudkami kierowali się ludzie pokroju Janusza Radziwiłła, ale nie można ich na pewno równać z postacią Andrzeja Kmicica, który również pobłądził w służbę przeciwko Polsce, ale tylko dlatego że został wmanewrowany w bardzo trudną sytuację emocjonalno-obyczajową. Sam bowiem z siebie nigdy nie zdradziły ojczyzny.