Akademia pana Kleksa była miejscem niezwykłym nie tylko ze względu na postać ekstrawaganckiego założyciela i dyrektora tej niezwykłej szkoły. Równie frapująca była sama konstrukcja tego budynku, jego położenie, a także wewnętrzne rozmieszczenie pomieszczeń i ich funkcje. Wszystko oczywiście było podporządkowane niezwykłemu trybowi zajęć, jakie odbywały się w Akademii. Warto więc przypomnieć sobie to, jak wyglądała.
Akademia usytuowana była na samym końcu ulicy Czekoladowej i jedynym, co mogło wyróżniać ją spośród innych kamienic w okolicy był fakt, że jej fasada zbudowana została z bardzo wielu różnokolorowych cegiełek. Od ulicy, trzypiętrowy gmach Akademii odgrodzony był wysokim i solidnie wyglądającym murem. Jeżeli już ktoś zdecydował się na przekroczenie bramy i wejście na teren szkoły, okazywało się, że za Akademią roztacza się jeszcze ogromny, ogromny teren pokryty różnego rodzaju lasami, strumykami, wąwozami, jeziorkami i tajemniczymi zagajnikami. Niektóre z tych miejsc wyglądały zupełnie dziko. Cały teren ogrodzony był wyżej wspomnianym murem, który jednak od wewnątrz robił zupełnie inne wrażenie niż od strony zewnętrznej. od czasu do czasu dawało się bowiem w nim dostrzec furtki do innych bajek, do których klucze posiadał jedynie sam Ambroży Kleks. Park był miejscem fascynującym, ale i pełnym sekretów. Znajdowały się w nim zarówno tereny spacerowe, jak i dzikie ostępy, gdzie raczej nikt nawet nie próbował się dostać. Było t miejsce wielu zajęć lekcyjnych, np. lekcji geografii, która polegała na grze w piłkę nożną przy pomocy wielkiej kuli przypominającej globus.
Sam budynek również skonstruowany był w sposób dosyć baśniowy, ale nie pozbawiało go to praktyczności. akademia posiadała trzy piętra. Na parterze znajdowały się wszystkie sale lekcyjne, a także składziki sprzętów potrzebnych do przeprowadzania zajęć. Pierwsze piętro było piętrem „socjalnym”: znajdowała się tam obszerna sypialnia przeznaczona dla uczniów Akademii, sala jadalna, a także przestronna łazienka. Drugie piętro zarezerwowane było wyłącznie dla Pana Kleksa oraz dla szpaka Mateusza, którzy sypiali w jednym pokoju w dwóch niewielkich łóżeczkach (Ambroży na noc zmniejszał się do rozmiarów noworodka). Na drugim piętrze znajdował się również „szpital chorych sprzętów”, gdzie Profesor nauczał jak dbać o przedmioty codziennego użytku. Najbardziej tajemnicze było piętro trzecie, o którym wiadomo było tylko tyle, że Profesor trzyma tam wszystkie swoje sekrety. Nie można było tam sobie tak po prostu wejść, nie prowadziły na to piętro żadne schody, drabiny, ani drzwi. Wstęp na to piętro miał tylko Ambroży Kleks, który zwykł dostawać się tam przez komin Akademii. Szkoła posiadała również piękną kuchnię wypełnioną niezwykłymi preparatami, z których pan Kleks tworzył przepyszne potrawy. Okna w Akademii miały charakter kolorowych witraży, co nadawało wszystkim wnętrzom baśniowości.
Chyba każdy chciałby, żeby jego szkoła choć w minimalnym stopniu przypominała tę z powieści Jana Brzechwy, gdzie wszystko ma charakter baśni, posmak magii. Przy okazji ma się kontakt z przyrodą w jej najrozmaitszych odmianach. W takich warunkach aż chce się uczyć i dorastać!