Jan Brzechwa tworząc Akademię Pana Kleksa dokonał czegoś w zasadzie niemożliwego. Napisał bowiem powieść o szkole, o uczeniu się, o dydaktyce i o posiadaniu oraz wypełnianiu codziennych obowiązków w sposób, który nie tylko nie odstręczał młodzieży od tego tematu, ale rzeczywiście ją nim zafascynował. Młodzież już od dziesiątek lat zaczytuje się w fantastycznej opowieści o szkole, do której każdy uczeń chciałby uczęszczać i o nauczycielu, na którego lekcji każdy chciałby się przynajmniej raz w życiu znaleźć. Akademia Pana Kleksa mieści w sobie jednak dużo więcej sensów i znaczeń.
Akademia Pana Kleksa to przede wszystkim powieść o dorastaniu. O dorastaniu, którego większą część człowiek spędza w szkole, która nie zawsze bywa obiektem miłości i fascynacji młodych ludzi. Jan Brzechwa postanowił więc stworzyć obraz szkoły idealnej, zupełnie nieprawdopodobnej, która bawi ucząc i uczy bawiąc. Szkoły, w której nauczyciele (a ściślej rzecz ujmując – jeden nauczyciel) są prawdziwie kompetentni, choć używają trochę niecodziennych metod dydaktycznych, co zresztą stanowi o ich sukcesie. Akademia to miejsce, w którym uczniowie chcą być, w którym chcą się uczyć, które rozbudza ich ciekawość świata, w którym żyją, a również potrafi tę ciekawość w dużym stopniu zaspokoić. Akademia mieści w sobie wszystko to, co w szkole jest i mogłoby być dobre, odrzuca natomiast te elementy, które dla młodzieży są nieciekawe, ciężkie i nużące. Uczniowie tej specyficznej szkoły uczą się wielu praktycznych umiejętności niejako mimochodem, przy okazji zabawy, lub codziennych obowiązków, od których jakimś cudem nikt nie próbuje się wymigiwać. W Akademii panuje również niezwykła równowaga pomiędzy uczniami a Profesorem Kleksem. Obie strony wzajemnie się szanują, pan Kleks robi wszystko, co w jego mocy, żeby dobrze wychować swoich chłopców i przekazać im jak najwięcej wiedzy, a oni odwdzięczają się swojego Profesorowi bezgranicznym zaufaniem i sympatią.
Akademia Pana Kleksa to również powieść o dorastaniu w nieco szerszym znaczeniu. Wiele elementów, wśród których dziecko staje się człowiekiem młodym i świadomym, jest przez dzisiejszy świat ignorowanych. Ambroży Kleks działa na przekór temu schematowi. bardzo dużą wagę przywiązuje na przykład do snów swoich uczniów. Całą Akademię utrzymuję w atmosferze baśniowej, tak, by uczniowie czuli się w niej jak w innym świecie, by mogli być go ciągle ciekawi i by czuli się wyróżnieni. Powieść uczy jednak czytelników, że baśń jest tylko pewną konwencją, która owszem jest wskazana na pewnym etapie rozwoju człowieka, ale również nie trwa wiecznie. I z tym faktem też trzeba umieć się pogodzić, co pokazuje finał książki, w którym Akademia przestaje istnieć, a szpak Mateusz zamienia się w realnie istniejącą postać autora opowieści.
Równie ważna jest jeszcze inna nauka płynąca z Akademii Pana Kleksa, a mianowicie to, że nawet w baśni człowiek jest zmuszony do dokonywania pewnych wyborów, których konsekwencje musi ponieść. Ciągle należy opowiadać się po stronie dobra i wszelkimi dostępnymi sposobami zwalczać zło, które tu reprezentowane jest przez Golarza Filipa. Powieść wypełniona jest również pomniejszymi, ale nie mniej istotnymi elementami, jak na przykład to, że w młodym wieku należy bezwzględnie słuchać swoich rodziców, albo to, że pod żadnym pozorem nie można znęcać się nad zwierzętami. Innym wnioskiem z powieści jest to, że za każdy zły uczynek, prędzej czy później człowiek będzie musiał odpowiedzieć.
Akademia Pana Kleksa to książka mistrzowska. Pokazuje, że dzieciństwem i czasem dorastania można się cieszyć i go nie zmarnować, a wręcz, że można te dwie rzeczy połączyć w jedną, uzupełniającą się całość. Mamy tutaj oczywiście do czynienia z wizją niemożliwą do zrealizowania, ale pod względem idei, jaką przekazuje, jest jak najbardziej warta wzięcia pod uwagę, zarówno przez rodziców i nauczycieli, jak i przez same dzieci, które od najmłodszych lat powinny uczyć się tego, że życie to nie tylko nauka, obowiązki i ciężka praca, lecz także marzenia, sny, przyjemności, dobro i miłość. Akademię Pana Kleksa powinno przeczytać każde dziecko, a najlepiej, gdyby zrobiło to wraz ze swoim rodzicem.