Akademia Pana Kleksa znacząco różniła się od zwykłych akademii i szkół, zwłaszcza pod względem przyjętych w nich metod wychowawczych i dydaktycznych. Miało to swoją przyczynę w postawie dyrektora i jedynego profesora akademii – Ambrożego Kleksa, który sam w sobie był już osobowością nader ekscentryczną i interesującą. Metody nauki przedstawione w powieści Jana Brzechwy od lat fascynują nowe pokolenia młodych czytelników, z których zapewne spora większość miałaby ochotę odbyć chociaż kilka lekcji w tej niezwykłej Akademii.
W przeciwieństwie do systemu nauczania w normalne szkole, w Akademii Pana Kleksa nie istniały konwencjonalne przedmioty lekcyjne. Nie było więc matematyki, fizyki, wychowania fizycznego, biologii czy nauki wiedzy o społeczeństwie. Ambroży Kleks wkładał swoim uczniom wiedzę do głowy w sposób przedziwny, a jednocześnie bardzo odkrywczy, a przede wszystkim skuteczny. Chłopcy (bo w Akademii pobierać nauki mogli jedynie chłopcy, w dodatku jedynie tacy, których imię rozpoczynało się na literę „A”) uczyli się poprzez zabawę i ciekawe wycieczki, niejako mimochodem, trochę przy okazji. Jednak wiedza, a także życiowe umiejętności, wchodziły im do głowy bez najmniejszego problemu. Ba – uczniowie z ogromną chęcią i fascynacją podchodzili do zajęć i lekcji. Każdego dnia wstawali ochoczo, bo byli ciekawi tego, co też Profesor Kleks przygotował im na dzisiaj. Nauka więc była spontaniczna, nie miała z góry ustalonego planu, wymykała się wszelkim „programom nauczania”.
Jak więc wyglądały lekcje naprawdę? Jednym z przedmiotów była np. „kleksografia”. Ten przedmiot o dość niecodziennie brzmiącej nazwie, polegał na oswajaniu młodych ludzi z atramentem, a w dalszym planie z pisaniem i nauką kaligrafii w ogóle. Kleksografia polegała na robieniu na papierze jak największych i najdziwniejszych kleksów z atramentu, a potem składaniu kartki na pół. Po ponownym jej otrzymywaniu odczytywało się i interpretowało otrzymany kształt. Innym przedmiotem było np. przędzenie liter. Uczniowie na tym przedmiocie uczyli się tego, jak litery zapełniające grube książki prostować, a następnie nawijać je na wielką szpulę. Odczytywanie treści zawartych w książkach ze szpuli, miało być dużo prostsze, mniej uciążliwe dla wzroku i pochłaniające dużo mniej czasu, za to dające lepsze efekty. Bardzo ciekawie wyglądały również lekcje geografii, które były prowadzone przez szpaka Mateusza. Były to w gruncie rzeczy zajęcia ruchowe, bardzo zbliżone do gry w piłkę nożną. Uczniowie jednak grali piłką podobną do globusa, a zabawa polegała na tym, że za każdym razem musieli wypowiedzieć głośno nazwę geograficzną miejsca, w które trafił ich but. Jeszcze inną lekcją, bardziej praktyczną, były wizyty w „szpitalu chorych sprzętów”. W tymże miejscu Pan Kleks pokazywał swoim uczniom, jak dbać o przedmioty codziennego użytku, jak je naprawiać, a przede wszystkim tego, że należy pochodzić do nich z szacunkiem i ich nie niszczyć.
Przyznać więc trzeba, że Profesor Ambroży Kleks miał zupełnie inny pomysł na edukację i wychowanie niż jego koledzy po fachu w prawdziwym świecie. Inny był również system oceniania. Kleks nie stosował żadnych stopni. Za dobre wyniki w nauce, lub wzorowe sprawowanie można była otrzymywać… piegi, których sam Profesor używał w celu polepszenia sobie nastroju.Za gorsze wyniki, lub niestosowne zachowanie kara była równie mało spektakularna i polegała na noszeniu przez jeden dzień żółtego krawata w zielone grochy. Mimo to wszystko każdy uczeń czuł się doceniony i pewny własnej wartości.
Oczywiście metod stosowanych przez Ambrożego Kleksa nie da się żadną miarą przyrównać do rzeczywistości – baśń pozostanie baśnią. Warte jest jednak zastanowienie się nad ogólną ideą, która przyświecała temu szalonemu Profesorowi. Uczyć przez zabawę i bawić nauką. Nie wyrywać dzieci na siłę z dzieciństwa, lecz stworzyć im świat, w którym będą mogły z niego w bezpieczny i konstruktywny sposób korzystać. Wreszcie zadbać o to, by żadnego ucznia nie wtłoczyć w system ocen „lepszy-gorszy”, który mógłby wypaczyć ich poczucie wartości na długie lata. Myślę, że mimo wszystko od Profesora Ambrożego Kleksa wiele moglibyśmy się nauczyć.