Mimo baśniowej atmosfery, która panowała w Akademii Pana Kleksa i bardzo luźnych metod dydaktycznych, w błędzie były ten, kto pomyślałby, że panowała tam samowolka i dowolność w wyborze zajęć. Wręcz przeciwnie! Lekcje, obowiązki codzienne, wycieczki szkolne, a także plan dnia – wszystko to podlegało ścisłemu harmonogramowi, dzięki któremu szkoła mogła istnieć i prawidłowo funkcjonować. Taka dyscyplina dawała jednak tak dobre efekty, że absolutnie nikt nie miał ochoty się przeciw niej buntować.
Dzień dla uczniów w Akademii Pana Ambrożego Kleksa rozpoczynał się już o godzinie piątej rano. Za pobudkę odpowiadał Szpak Mateusz, który wlatywał do sypialni chłopców i otwierał im nad głowami niewielkie śluzy, z których zaczynała skapywać zimna woda wprost na ich nosy. W ten sposób przebudzeni chłopcy zbierali się pod prysznic, do wzięcia którego jednak nie służyła woda, lecz owocowe soki, każdego dnia o innym smaku. W pół godziny po przebudzeniu uczniowie rozpoczynali śniadanie, by już o godzinie szóstej stawić się w gabinecie dyrektora na porannym apelu. Tam Ambroży Kleks całował każdego ucznia w czoło i od każdego odbierał lusterko (lusterka stojące przy łóżkach miały za zadanie rejestrować sny właścicieli, a pan Kleks wybierał potem najciekawsze i przerabiał je w proszek nasenny).
Lekcje w Akademii pana Kleksa rozpoczynały się zawsze punktualnie o godzinie siódmej rano. Przedmioty były bardzo różnorodne, od nauki kleksografii, przez naukę „leczenia” chorych sprzętów i przędzenia liter, aż po naukę geografii przez grę w piłkę nożną, czy też naukę języka ptaków i żab. Bywało też, że zamiast lekcji, Ambroży Kleks zabierał swoich uczniów na wycieczki, m.in. do fabryki dziur i dziurek. Zajęcia te kończyły się, kiedy Szpak Mateusz dawał sygnał, że pora już na kolejny posiłek. Po nim chłopcy rozchodzili się do swoich obowiązków. Niektórzy zajmowali się sprzątaniem parku i Akademii, inni naprawiali ubrania i zajmowali się bielizną uczniów, ktoś czyścił korytarze, ktoś przygotowywał sale lekcyjne na kolejny dzień, inni zajmowali się np. dopieraniem soków do prysznica na kolejny poranek, jeszcze inni nakrywali do stołu i sprzątali z niego po posiłkach. Można więc powiedzieć, że Akademia była doskonale nakręconym instrumentem, w którym każdy trybik doskonale wiedział, co ma robić i swoje zadanie wykonywał bez zarzutu.
Kiedy już wszyscy uczniowie uporali się ze swoimi obowiązkami, nadchodziła pora wieczerzy, na którą znów wzywał Szpak Mateusz. Po niej uczniowie mieli czas dla siebie, który mogli poświęcić na odpoczynek lub na powtórzenia lekcji z dnia minionego, w czym chętnie pomagał im Szpak Mateusz. Niekiedy wraz z Panem Kleksem opowiadali sobie nawzajem swoje sny i omawiali je wspólnie. Niekiedy zaś to sam pan Kleks zabierał głos i snuł jakąś bardzo piękną i fascynującą opowieść. Wówczas wszyscy uczniowie słuchali go z uwagą i z zapartym tchem. Później zaś przychodził czas na wytęskniony sen. Kiedy uczniowie usypiali strudzeni całodzienną pracą i nauką, pan Kleks odwiedzał ich pokój, by na lusterkach ustawionych przy ich łóżkach sprawdzać, czy nie śni im się coś złego, ale jeśli tak było, odganiał ten sen. Trzeba było w końcu nabrać sił, bo kolejny dzień miał się rozpocząć już o piątej rano.
Rzadko słyszy się o tak ułożonych i zdyscyplinowanych dzieciach jak te, które znajdowały się pod opieką pana Kleksa w jego Akademii. Dyscyplina ta zresztą była czymś naturalnym, zupełnie niewymuszonym, dzięki czemu bez problemu stała się częścią życia każdego z uczniów. Dzięki temu Akademia mogła bez zakłóceń wciąż być Akademią.