Akademia pana Kleksa to powieść Jana Brzechwy osadzona w fantastycznym świecie baśni, magii i wszelkiego magicznego nieprawdopodobieństwa. Głównym bohaterem jest Ambroży Kleks, mędrzec i mag, który założył szkołę o zupełnie nieprawdopodobnych (choć z punktu widzenia zwyczajnych szkół – bardzo szlachetnych) metodach dydaktycznych i wychowawczych. Założyciel i dyrektor szkoły to jednak tylko jedna z fascynujących postaci występujących w powieści.
Ambroży Kleks – tytułowy założyciel Akademii. Człowiek w trudnym do odgadnięcia wieku. Niezwykle mądry, doświadczony, posiada wiele niesamowitych umiejętności, w tym te ponadnaturalne. Ekscentryk, ma kolorowe włosy, ubiera się w zawsze zbyt duże spodnie, kamizelki i surduty. Stosuje niesłychane metody wychowawcze. Człowiek bardzo ciepły, serdeczny, dla swoich uczniów jest prawdziwym autorytetem, nigdy się na nich nie gniewa, ani nie niecierpliwi. W młodości był uczniem doktora Paj-Chi-Wo. Odżywia się motylami i potrawami z farb. Używa magicznych piegów i eliksiru, by dbać o zdrowie i dobre samopoczucie. Jest dla swoich uczniów zarówno przewodnikiem, jak i po prostu przyjacielem.
Adaś Niezgódka – główny bohater powieści Jana Brzechwy. Książka jest pamiętnikiem, w którym chłopak zapisuje wszystkie wypadki, które przytrafiają się w Akademii jemu, jego kolegom, lub samemu Ambrożemu Kleksowi. Ma dwanaście lat, w szkole Kleksa jest od pół roku. Trafił tam, bo był bardzo nieporadnym chłopcem. Spóźniał się do szkoły, zapominał o odrabianiu lekcji, miał trudności z porannym budzeniem się. Ci więc postanowili oddać go pod egidę pana Kleksa, co okazało się strzałem w dziesiątkę, ponieważ chłopiec w krótkim czasie okazał się najlepszym uczniem w Akademii. Adaś z niezbyt rozgarniętego fajtłapy stał się godnym zaufania, koleżeńskim, odpowiedzialnym i punktualnym chłopakiem.
Szpak Mateusz – bardzo ciekawa osobistość, która obecna jest w Akademii. Szpak, który używa ludzkiej mowy, choć niepełnej, bo pomija początki wyrazów i dlatego na początku trudno jest go zrozumieć. Wiąże się z nim ciekawa historia, urodził się bowiem w postaci ludzkiej. Był synem wielkiego króla, niestety w wyniku ataku króla wilków został ranny i odtąd musiał nosić magiczną czapkę, która chroniła go przed złem. Któregoś razu zgubił jeden guzik w tej czapce i od tego czasu był zaklęty w postaci gadającego ptaka. Schronił się w Akademii Kleksa. Jego zadaniem było poranne budzenie chłopców, prowadzenie niektórych zajęć, pomaganie uczniom w odrabianiu lekcji czy snucie opowieści.
Golarz Filip – czarny charakter powieści Jana Brzechwy. Dawny przyjaciel Kleksa, a także fundator Akademii. Okazuje się później, że od lat pracuje nad lalką, sztucznym człowiekiem, którego Kleks obiecał ożywić. W końcu zniecierpliwiony Golarz przestaje dostarczać Kleksowi piegi, co skutkuje pogorszeniem się samopoczucia Profesora. Filip podrzuca swoją lalkę do szkoły, stawiając wszystkich przed faktem dokonanym. Ambrożemu udaje się ożywić Alojzego, co okazuje się pierwszym krokiem do zniszczenia Akademii.
Alojzy – sztuczny człowiek, syn Golarza Filipa. Skonstruowany przez niego i podrzucony do Akademii, ożywiony przez Kleksa. Zaprogramowany do sabotowania pracy Akademii, upokarzania Ambrożego i uprzykrzania życia innym uczniom. Jest geniuszem, ale przeszkadza mu umiejętność myślenia. Reprezentuje ślepą i brutalną siłę niszczącej agresji. Znęca się nawet nad swoim bratem, Anatolem, drugim, tym razem naturalnym dzieckiem Golarza. Koniec końców zostaje przez Ambrożego Kleksa rozebrany na części pierwsze, co rzecz jasna spotyka się z wybuchem wściekłości jego konstruktora, który przybywa do Akademii przed Świętami Bożego Narodzenia, by wygasić światełka na świątecznej choince.
Anatol Kukuryk – starszy syn Filipa, ten „prawdziwy”. Jest bardzo serdecznym chłopcem, dobrym uczniem i kolegą. Z Alojzym łączy go braterskie uczucie, mimo iż ten drugi jest tylko maszyną zbudowaną przez Golarza. Na początku uczył swoich kolegów tego, jak powinno się postępować z Alojzym, jak go „obsługiwać”. Później sam stał się ofiarą ataków i dokuczań swojego mechanicznego brata.
Uczniowie – bohater zbiorowy. Grupa młodych, kilkunastoletnich chłopców. Wszystkie ich imiona zaczynają się na literę „A”. Są grzeczni, ułożeni, dobrze wychowani. Stosują się do reguł panujących w szkole. Są pełni sympatii i fascynacji dla swojego mentora, Ambrożego Kleksa. Są zdyscyplinowani, do wszystkich zajęć podchodzą z ochotą i ciekawością. Chłoną nauki Profesora, sami garną się do nauki, nie unikają obowiązków, które nakłada na nich obecność w Akademii. Wzorowa młodzież.